Nazwa wsi Jantar wywodzi się z języka litewskiego, w którym jantarem nazywano bursztyn.

Miejscowość Jantar jest położona na prastarym bursztynowym szlaku od dawna słynęła z bogactwa bursztynu pochodzącego z połowów morskich oraz zbieranego na plażach. Pierwsze wzmianki o Jantarze pochodzą z 1400 r. i znajdują się w księgach komturii malborskiej.

Osada leżała w Państwie Krzyżackim od drugiej połowy XIV wieku, po Pokoju Toruńskim przyznano ją Gdańskowi. W średniowieczu znajdowały się tu dwie karczmy. W skład dzisiejszej miejscowości wchodzą dawne osady Faulelacke, Neuwelt i Jantar